L'église est le joyau du collège St-Michel. Construite entre 1606 et 1613 dans un gothique tardif, elle fut totalement transformée au 18ème siècle en une église rococo.
Ici, la transformation fut particulièrement réussie. Ses fresques, centrées autour de l'archange St. Michel, racontent l'affrontement du bien et du mal, et le salut offert aux hommes par Jésus-Christ. Le pèlerin y viendra vénérer les reliques de St. Pierre Canisius, qui se trouvent aujourd'hui dans le gisant sous maître-autel.